Elöszőr is leszögezem, hogy lehet, hogy elfogok mondani, nem szándékosan de véletlenül elmondok pár Spoilert, nem írom le az egész történetét a játéknak, csak az elejét írom le!

Halo 2

  Miután Master Chief sikeresen elhagyta és felrobbantotta a Halo 04-et azután vissza utazott a Földhöz. Mivel a Halo 2-nek nem líneáris a játék menette ezért kapunk egy vele párhuzamosan cselekvő lényt nem egy embert meglepő módon egy Elite-et kell írányítanunk néha ez a "néha" ez kb. a játék fele. (Személy szerint tetszet ez az újítás, hogy megtapasztalhatjuk a Covenantok oldaláról a dolgot).
  Na de ott tartottam, hogy Master Chief vissza repült a Földhöz teljesen nem landolt le, hanem egy kairói űrállomáshoz ment. (Azért kairói űrállomás, mert pontosan kairó fellet helyezkedik el.) Miután Master Chief-et ott kitüntetik hősies cselekedeteiért, eközben a High Charity-in (A Covenantok szent fővárosa) egy arany páncélzatú Elite-et éppen lefokoznak és nyílvánosan megalázzák, azért mert nem tudta elpusztítani a Pillar of Automn-t és lefokozzák Arbiter-é. Ez azt jelenti, hogy egy öngyilkoss küldetés során tudja bebízonyítani a Prophets [Proféták] íránti hüségét. Ekkor már a High Charity-in már kezdődik fokozodni a dolgok úgyan is Prophets felbérelték a Brute-okat [Brutokat] és annak szövetségeseit a Drone-okat [Dronokat]. Ezáltal a Prophets jobban megbíztak bennük, mint az Elite-ben. De térjünk vissza a hőshöz Master Chief-hez miután kitüntették Miranda Keys-el [Miranda Kíjszel] együtt (Jacob Keys [Dzsekob Kíjsz] lánya) hírtelen 15 db Covenant csata űrhajó jelent meg az űrbázisok közelében, a Covenantok megtalálták az emberiség gyenge pontját a Földet... De Chief nem adja fel ilyen könnyen (és itt kezdődik a játék igazán) miután az űrbázist metisztitottuk a külöm böző Covenantoktól azután Chief észre vette, hogy sorozatosan robbanak föl az űrbázisok vajon, hogy és egyáltalán meglehet állítani a válasz igen. Cortana elmondta, hogy ez egy különleges bomab amit ő letud állítani csak a közelében kell lennie. Miután Chief legyőzte az Elite főnököt azután Cortanát átküldte a bombába és szerencsésen hatástalanították azt. Chief-nek lett egy nagyon durva őtlette és ezt ondta Lord Hood-nak [Lórd Hudnak] "Vissza küldöm a Covenantoknak a saját bombájukat". Master Chief kíhuzta egy űres raktár szobába a közel 150-200 kg tüskés bombát. Itt kínyitotta a panoráma ablakot ahol a légnyomás kiszívta a bombát és belevezette az egyik csata űrhajóba ami azónal felrobbant. Hogyha azt hitted, ez volt Chief legnagyobb akciója nagyon tévedsz érdekel még több ilyen poénos akció, mire vársz csak ott a játék.